1층 한국천주교회사 전시관
한국천주교회사에서 순교자들과 관련 된 유물과 유품, 각종 자료들이 신유박해(1801), 기해박해(1839), 병오박해(1846), 병인박해(1866)의 순으로 전시되어 있다. 또 조선후기 죄인들을 취조하는데 사용하던 다양한 형구들을 철저한 연구와 고증을 통해 복원하여 전시하고 있어 한국 가톨릭 순교자들의 참혹한 고통을 연상할 수 있다.


2층 한국교회사 전시관
1800년부터 현재까지, 가톨릭교회에서 사용한 성경, 교리서, 기도서, 성가집 등이 전시되어 있다.

2층 궁중유물전시관
조선 제 27대 왕 순종의 비 순정효왕후의 당의, 의왕비 김덕수 마리아님께서 기증하신 궁중유물, 대원군의 친필 외 다양한 궁중복식이 전시되어 조선말기 왕실 생활을 알 수 있다. 

2층 오륜당
사랑방과 안방에서 사용하는 다양한 민속품 등이 전시되어 우리 선조들의 생활을 엿볼 수 있다.

2층 성모성년 특별 전시관
강화도 무명 순교자의 묘에서 출토된 성모상과 중국, 일본, 필리핀 등의 박해 시대의 성모상 외 세계 각국의 성모상, 십자가, 묵주 등이 전시되어 있다. 바티칸 공의회 이전의 제대, 제의, 전례용품이 전시되어 가톨릭교회의 전례 예식에 관련된 다양한 자료를 살펴볼 수도 있다.

2층 기념자료 전시관
기념자료 전시관에는 조선교구설정 150주년, 한국천주교창립 200주년, 성체성년(1989), 대희년(2000) 등과 관련된 각종 자료들이 전시되어 있다



3층 김인순 누갈다 전시관
김인순(누갈다님)께서 기증하신 삼국시대의 기와와 도자기, 조선시대 서민들의 생활상을 알 수 있는 다양한 민속품이 전시되어 있다.

3층 도예작품 전시관
도예가 신정희님 외 여러 도예가들의 도자기와 다기를 전시하고 있다.

3층 대희년 특별 전시실
가톨릭 관련 전시 및 성화전을 기획하여 전시하고 있다.