1층 한국천주교회사 전시관
한국천주교회사에서 순교자들과 관련 된 유물과 유품, 각종 자료들이 신유박해(1801), 기해박해(1839), 병오박해(1846), 병인박해(1866)의 순으로 전시되어 있다. 또한 조선후기 죄인들을 취조하는데 사용하던 다양한 형구들을 철저한 연구와 고증을 통해 복원하여 전시하고 있어, 박해시기 순교자들의 고통을 연상할 수 있다.


2층 한국천주교회사 전시관
천주교 전래 이후 사용한 성경, 교리서, 기도서, 성가집과 교우촌에서 사용하던 유물들이 전시되어 있어, 당시 천주교에 대한 이해와 수용이 지식인들과 민간에서 폭넓게 이루어지고 있었음을 살펴볼 수 있다.

2층 궁중유물 전시관
조선의 제27대 왕 순종비 순정효왕후의 당의와 의왕비 김덕수 마리아님께서 기증하신 궁중유물, 대원군의 친필 외 다양한 궁중복식이 전시되어 조선말기 왕실 생활을 알 수 있다. 

2층 성모성년 특별 전시관
강화도 무명 순교자의 묘에서 출토된 성모상과 중국, 일본, 필리핀 등의 박해 시대의 성모상 외 세계 각국의 성모상, 십자가, 묵주 등이 전시되어 있다. 그리고 바티칸 공의회 이전의 제대, 제의, 전례용품이 전시되어 가톨릭교회의 전례 예식에 관련된 다양한 자료를 살펴볼 수 있다.



3층 특별기획 전시실